全基因组测序可以帮助团队发布第一个中国人血液地图集

全基因组测序技术可以发现各种已知或不明病毒序列包含在人类血液中,可以提供一个重要的数据库病毒感染预防疫苗的发展,病毒基因组和流行病学研究。例如,许多常见的癌症与致癌病毒,包括eb病毒(EBV),乙肝和丙肝病毒(乙肝病毒和丙肝病毒),和人类乳头状瘤病毒(HPV)。

2022年10月,华大基因研究院基因组学、瑞金医院、上海交通大学转化医学研究院的杠杆BGI的专有DNBSEQ测序平台进行深入分析的非人类基因序列全基因组测序(WGS)数据来自中国的10585人的代谢分析程序(ChinaMAP)和建造了第一滴血病毒学概要的中国人。研究结果发表在《华尔街日报》细胞的发现并提供一个参考预防病毒感染和流行病学。

本研究建立了一个WGS-based方法来分析病毒序列通过从WGS提取非人类基因序列数据的10585个人和确定14病毒广泛存在于中国人,比如指纹病毒,疱疹病毒,人类内源性逆转录病毒,人类腺病毒C和B型肝炎病毒。

Anellovirus检出率最高,与指纹病毒基因序列包括台视(扭矩塔诺河病毒)和TLMV (TTV-like迷你病毒)中发现76.7%的人;HHV-4(人类gammaherpesvirus 4、EBV)中检测出个人的30.3%,高于报道在欧洲人口群体(14%)。

疱疹病毒B (Betaherpesvirus)也普遍发现,与HHV7人类疱疹病毒(7),HHV6A(人类Betaherpesvirus 6) HHV6B(人类Betaherpesvirus 6 B),和HHV5(人类Betaherpesvirus 5)血巨细胞病毒中发现的13.2%,0.36%,1.09%和1.03%的人分别。

人类内源性逆转录病毒K (HERV-K),人类mastadenovirus C (HMV)和乙型肝炎病毒(HBV)被发现在分别为8.20%,2.41%和1.69%的个人。

此外,研究小组发现HPV序列在50个人(0.47%),包括亚型Gammapapillomavirus 1, Betapapillomavirus 1和Alphapapillomavirus 4。

最监控病毒:乙型肝炎病毒

乙型肝炎在中国是一个主要的传染病,仍然是肝癌的主要原因之一。研究小组检测乙型肝炎病毒(HBV)序列在1.69%的个体,主要包括两个亚型(77%)、HBV-B HBV-C。进一步,研究小组分析了病毒在人类基因组中整合事件,发现HBV-B病毒序列集成在10个样本和HBV-C病毒序列集成在18个样品,结果表明集成事件与较高的病毒序列丰度显著相关,没有明显丰富地区HBV病毒在人类基因组序列集成站点。

研究小组进一步研究病毒感染之间是否有相关性和遗传变异全基因组关联研究(GWAS)。结果表明,ACR的错义突变基因明显与HHV6病毒相关的马车,轨迹是东亚人群的丰富。

HHV6属于betaherpesviruses,包括两种病毒基因组序列的身份,高达90% HHV6A HHV6B。尽管HHV6感染是无害的大多数人来说,研究也发现,HHV6感染与神经系统疾病如多发性硬化症和阿尔茨海默病,指示HHV6感染的潜在危害不容忽视。

这一观点为未来的研究提供了一个重要的数据库HHV6病毒的传导机制,以及种群的遗传风险评估与HHV6感染的高危地区。

综上所述,本研究系统地研究血液病毒集团大规模人口使用深入WGS数据基于BGI的专有DNBSEQ测序平台和分析人口运输速度,病毒丰度和14个病毒的地理分布。

发现EBV中发现30%的人是最常见的致病病毒携带人群中,HBV病毒丰度在血液与集成相关事件,和错义突变ACR与HHV6病毒马车显著相关。这些研究结果将为病毒感染预防和流行病学研究提供重要的信息。与此同时,它还提供了参考和经验对于较大的人口基因组项目。