2022年12月14日报告

用于直接测量肿瘤的计算方法表明，超转录在癌症中普遍存在

作者:Bob Yirka, Mbob游戏edical Xpress

用于直接测量肿瘤的计算方法表明，超转录在癌症中普遍存在
RNAmp RNA输出分析综述。(A)当癌细胞的RNA输出高于正常细胞水平时，就会发生超转录(左)。从原发肿瘤组织中提取RNA时，每个细胞信息的RNA输出量丢失(中)。癌细胞和正常细胞特异性转录本可以使用肿瘤特异性标记物变体进行识别，如体细胞取代(Subs)和LOH-SNPs(右)。(B) DNA和RNA VAF在有和没有超转录(HyperTX)的样品中的分布。肿瘤特异性变异的RNA VAF阳性转移表明RNA输出增加。为了估计癌症细胞相对于正常细胞的RNA输出的总体折叠变化，RNAmp将这些VAF移位与肿瘤纯度、倍性和局部拷贝数数据结合起来。(C)对肿瘤细胞和正常细胞混合物进行细胞数归一化RNA-seq，以验证RNAmp的准确性。在细胞混合前测量每个细胞的RNA输出量。然后用RNAmp对这些混合物进行测序和处理。 (D) Fold change in RNA output levels of cancer cell lines measured by direct RNA quantification. Error bars correspond to SD. (E) RNAmp-derived RNA output measures (boxplots) compared to direct RNA quantification measures (red diamonds). Boxplot center line corresponds to the median, box limits are upper and lower quartiles, and whiskers represent 1.5 × interquartile range. (F) Pearson correlation of RNAmp-derived tumor RNA content estimates compared to direct RNA content quantification (R = 0.99, P < 0.0001). (G) RNA output per cell measured in medulloblastoma cells with and without MYC induction. (H) RNAmp-derived fold change in RNA output between UW228 Myc and UW228 wild-type cells (boxplot) compared to direct RNA quantification (red line). Boxplots are defined in (E). Credit:科学的进步(2022)。DOI: 10.1126 / sciadv.abn0238

来自多伦多大学、多伦多病童医院、安大略省癌症研究所、乔治敦大学和纪念斯隆凯特琳癌症中心的一组研究人员使用计算方法直接测量肿瘤，表明超转录在癌症中无处不在。

在他们发表在杂志上的论文中科学的进步在美国，该小组描述了开发一种新的计算工具来测量维生素d的水平在a的所有基因中然后用它来了解更多关于超转录对生存能力的影响病人。

先前的研究表明，RNA是由DNA在一个称为转录的过程中合成的，从而产生一种基因产物，如蛋白质。先前的研究还表明，当肿瘤开始生长时，转录通常也会出错，导致超转录。

bob88体育平台登录一段时间以来，医学研究人员一直想知道肿瘤中的部分或全部细胞是否有转录的改变，但一直无法找到原因．

在这项新的努力中，研究人员通过开发一种他们命名为RNAmp的新工具克服了这些技术挑战。当对肿瘤突变数据、肿瘤类型和染色体结构改变等其他数据进行训练时，它会返回整个肿瘤的标准化RNA测量值。

有了他们手中的新工具，研究人员开始回答这个问题:过度转录是只发生在特定的细胞中，还是整个肿瘤中的所有细胞。他们研究了涵盖31种癌症的7494种肿瘤的转录水平，发现无论哪种类型的肿瘤，超转录都是普遍存在的。他们发现，在他们测试的所有肿瘤中，转录水平普遍较高。

研究人员还发现，超转录的程度可能与生存能力有关——高水平的转录与较短的生存时间直接相关。研究人员无法找到这种相关性的原因，但注意到在诊断患者时使用他们的新工具可以为患者提供更准确的生存时间框架的估计。

从更积极的方面来看，这一新发现表明，未来的研究重点是减少肿瘤中的超转录，可能会带来更好的结果。

更多信息:Matthew Zatzman等人，侵袭性人类癌症中的广泛超转录，科学的进步(2022)。DOI: 10.1126 / sciadv.abn0238
期刊信息: 科学的进步

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引用:用于直接测量肿瘤的计算方法表明，超转录在癌症中普遍存在(2022,12月14日)，检索自2022年12月15日//www.pyrotek-europe.com/news/2022-12-method-tumors-hypertranscription-ubiquitous-cancers.html
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