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在基因组的3 d视图可以帮助治疗儿童脑癌

在基因组的3 d视图可以帮助治疗儿童脑癌
转录激活的RCOR2 neo-TADs RELA室管膜瘤。在重建ZFTA肿瘤基因组染色质联系人(示例4 ep53)包括串联重复导致ZFTA-RELA融合(chr1:63532174 - 65429788、绿色框)。固体黑匣子显示TADs被应用TopDom高c数据映射到重建肿瘤基因组,包括neo-TAD横跨DNA断点。b, c重建基因组含有ZFTA-RELA融合基因位点在ZFTA室管膜瘤样例4 ep53 (b)和11 ep22 (c)。黑匣子/三角形表明TADs报道TopDom当应用于重建肿瘤基因组。neo-TAD是确定的,它跨越了DNA断点和地方RCOR2成新的监管环境。d箱线图RCOR2基因表达在使用Affymetrix室管膜瘤组(n = 393)的基因表达数据。RCOR2显著调节ZFTA肿瘤(ZFTA与其他肿瘤类limma p-val。:7.62 e−27)。中线,框限制,胡须,表明中值,上/下四分位数,分别1.5×四分位范围和异常值。e RCOR2之间的相关性和ZFTA ZFTA(左侧,n = 76,软木= 0.663,p-val e = 6.93−11)和PFA室管膜瘤样本(右侧,n = 200,软木= 0.336 p-val = 1.13 e−06)。外:我shRNA时间进程混战ZFTA实验(EP1NS)和PFA (EPD210FH)室管膜瘤细胞系使用紧急控制和两个成分构造目标要么RCOR2 EP1NS (f),在EPD210FH RCOR2 (g),在EP1NS LSD1 (h)与LSD1 EPD210FH (i)。所有构造GFP标记和GFP阳性细胞是按流式细胞仪。 For panel (f), error bars represent mean ± SD for n = 3 independent experiments (two-tailed paired t test p-val = 0.0018 and 0,0046; shRCOR#1 and shRCOR2#2, respectively). For panels (g–i), normalized data represent mean from n = 2 independent experiments per cell line. j, k Dose–response curves of single-compound treatment with ORY-1001 (j) or Entinostat (k) of ZFTA (EP1NS, BT165 and ST-1) and PFA (EPD210FH, BT214) ependymoma spheroids over a 72-h time-course using Celltiter-Glo cell viability assays. For each sample the results are presented as percentage of the Luminescence signal from control condition (i.e. water for ORY-1001 and DMSO for Entinostat). Error bars represent mean ± SD for n = 3 independent experiments (one-way ANOVA test p-val < 0,0001). Credit:自然通讯(2023)。DOI: 10.1038 / s41467 - 023 - 38044 - 0

助理教授领导的研究人员桑福德Burnham Prebys卢卡斯查韦斯,博士,利用最新的技术,看一个以前从未见过的室管膜瘤,一种最致命的小儿脑瘤。通过可视化基因是肿瘤细胞内的组织和安排,他们能够揭示基因在肿瘤可能是未来治疗靶点。结果出现在自然通讯

是由很多吗和一个更大数量的非编码部分,都紧紧地包装,卷装进小核的细胞,”查韦斯说。“我们使用先进的技术来看看基因组包装盘,给了我们一个独特的视角在基因调控的机制。这种方法可以帮助我们了解基因组的形状和之间的联系。"

脑部肿瘤,包括瘤是最常见的恶性肿瘤在14岁以下儿童死亡的主要原因,疾病在儿童时期在美国。

“瘤进来许多不同的基因和分子亚型可以影响病人对治疗有多好,”查韦斯说。“目前的标准治疗治疗包括手术之后,辐射,具有长期的风险,治疗导致神经副作用以及二次癌症。室管膜瘤新的靶向治疗的选择是迫切需要的。如果成功,我们的研究将导致新的,有效的药物治疗这些危险的癌症。”

研究人员关注最常见的和激进的形式的疾病,主要发生在儿童。他们使用一个新兴技术3 d基因组映射,以可视化的细胞核内基因是如何组织的细胞。

“科学历来研究基因组在二维空间中,专注于基因是如何安排的,线性序列,”查韦斯说。“但基因组是一个3 d对象和其他事情一样,和基因排列在空间让这些基因表达的差异。”

研究人员研究了先前未被发现的循环室管膜瘤肿瘤的基因组。这些循环改变基因表达的方式,进而产生信号帮助肿瘤生长。

“我们已经证实,这些基因的配置循环室管膜瘤肿瘤至关重要,”查韦斯说。“这意味着我们现在有一个新的候选人的治疗目标,我们就不会能够识别没有这项技术。”

研究人员认为,他们的研究结果将为进一步的研究奠定基础,将导致未来的疗法。研究人员还计划看看其他小儿癌症,因为许多此类疾病有一些治疗选择。

“有惊人数量的肿瘤,我们难以治疗,因为我们根本不知道它们是如何工作的从生物的角度来看,”查韦斯说。“这项工作表明,还有很多我们仍然不知道肿瘤的基因组,并解开这些谜团的关键可能是最后克服这些激进的癌症。”

更多信息:康斯坦丁·Okonechnikov et al, 3 d基因组映射标识subgroup-specific染色体构象和tumor-dependency基因在室管膜瘤,自然通讯(2023)。DOI: 10.1038 / s41467 - 023 - 38044 - 0

期刊信息: 自然通讯

引用:以一个3 d视图的基因组可能有助于治疗小儿大脑癌症(2023年4月27日)检索2023年5月1日从//www.pyrotek-europe.com/news/2023-04-3d-view-genome-pediatric-brain.html
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