新方法使廉价检测等离子体生物标志物和规模

血浆收集的人经常在临床护理和研究。它是一个潜在的丰富的蛋白质生物标记物用于诊断和预后,测量对治疗的反应,揭示疾病的生物学。然而这些标志物在等离子体与蛋白质组学,我们最好的工具,一直是一个挑战:每天99%的等离子体由蛋白质如白蛋白、球蛋白和凝聚剂,本质上挤出个大海捞针的蛋白质可以作为生物标志物。

“等离子体是一个很困难的体液时,蛋白质组学,“汉诺Steen说,博士,波士顿儿童蛋白质组学中心主任。“你一次又一次地检测相同的蛋白质样品中,因此很难深入足以探测到有趣,少的蛋白质。”

人们已经使用抗体消除常见的蛋白质血浆样品,但该方法昂贵、缓慢和不够健壮的用于成千上万的样品。在一份新的报告科学的进步,斯蒂恩和他的同事描述方法,可去除这些蛋白质快速、成本效益manner-tinkering用旧生化方法可以追溯到1948年。

他们看到不时在文献中描述的技术在其他蛋白质和多肽的研究和实现可以被应用到等离子体。“然后我们花时间优化和简化流程,在96孔板上成千上万的工作样本,”斯蒂恩说。

把测试策略:COVID-19

需要是发明之母。斯蒂恩和他的团队需要一个方法来分析IMPACC研究的结果,一个大型全国性研究由国家过敏症和传染病研究所(NIAID),波士顿的儿童发挥了关键作用。这项研究是研究免疫反应与COVID-19大约有1100人住院。

“我们在5000年被NIAID任务分析蛋白质血浆样本,”斯蒂恩说。“在许多实验室必须关闭由于流感大流行,我们有三个月开发一个方法来分析10倍血浆样品比我们做过的每一天。没有人做过深血浆蛋白质蛋白质组学在这个规模。我说,是的,尽管我不知道如何去做。”

团队巧妙地上升到一次,和他们的工作有助于揭示组织——瀑特异性生物标志物,准确地预测患者的医院COVID-19;工作预计在今年晚些时候出版。

沉淀蛋白了

技术使用高氯酸,极强酸也称为超强酸、结合温度很低(-20°C)沉淀了常见的蛋白质在15分钟,在不损害其他蛋白质。

“多余的蛋白质凝固喜欢牛奶柠檬汁,”斯蒂恩说。“你可以立即看到他们凝结。可以离心机的液体样品,上面有我们想要的蛋白质。”

技术是足够快的大规模使用,消耗多余的蛋白质的成本仅为2.50美元每sample-far低于当前发出使检测的速度超过1500蛋白质样品每天60个样本。

“下工作时间压力可能帮助,”斯蒂恩说。“我们下枪,不得不把方法放在一起。”