研究人员提出一个简单的策略综合尿蛋白质组的分析

尿是一种有吸引力的来源和敏感的生物标志物的发现,因为它可以积累和早期反映人体的变化而被收集的方法。然而,尿蛋白质组的分析提出的挑战由于其宽动态范围,横跨大约10个数量级的蛋白质浓度。

丰富的蛋白质的存在尿液可以掩盖潜在的疾病生物标志物识别困难。一般利用分馏和消耗策略之前执行质谱(MS)分析,以提高这些难以捉摸的生物标志物的检测和识别。

作为一个有前途的替代方法,尿液通过超速离心法分离(UC)可以用来消耗丰富蛋白质,允许隔离液的纯度高,同时保留大部分的上层清液中丰富的蛋白质。然而,强劲的离心剪力在加州大学可以不可避免地破坏液的完整结构,导致只有微量的隔离尿液从一个小体积。

记住所有现有的限制,在中国的一个研究小组提出了一种新型固相烷基化(SPA)的样品制备方法,低损耗,抗干扰sub-microgram蛋白质组样品的处理。团队报告了他们的研究尿液。

“我们的方法结合了加州大学分离,固相萃取(SPA)样品制备,和液相色谱-质谱分析(质),使全面的尿蛋白质组分析,称为CPU、或全面的尿蛋白质组分析,”解释说通讯作者惠明元,大连化学物理研究所的教授,中国科学院。“这简单策略导致共有1659个蛋白质的识别使用短LC梯度大约一个小时,这比730年的2.3倍的蛋白质识别从原始尿不分离。”

值得注意的是,现有的尿液样本制备方法相比,CPU提供了显著的优势。它不仅大大减少分析时间3 - 4次,但它也提高了识别覆盖尿蛋白质组的130% - -160%。

”结合使用的方法进一步label-free量化进行比较蛋白质组分析尿液IgA肾病(IgAN)患者和健康的捐赠者,”主要作者心心刘,说一个技术员在大连化学物理研究所,中国科学院。“因此,227个差异表达蛋白质识别,揭示与IgAN相关的潜在生物标志物。

溶质载体家族的一些成员22 (SLC22)被发现是上调IgAN病人,显示一个潜在的链接中断这些人的肾脏代谢功能。

“我们的研究结果表明,我们的方法开发的有价值的工具尿液中发现疾病相关的生物标记物,”刘总结道。