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代谢物是代谢的中间体和产物。这个词代谢物通常局限于小分子。一个主要代谢物直接参与正常的生长、发育和繁殖。酒精是工业微生物学大规模生产的初级代谢物的一个例子。次生代谢产物不直接参与这些过程，但通常具有重要的生态功能。例如抗生素和色素。有些抗生素使用初级代谢物作为前体，如放线菌素是由初级代谢物色氨酸产生的。

工业微生物学产生的初级代谢产物示例:

代谢组形成了一个巨大的代谢反应网络，其中一个酶促化学反应的输出是其他化学反应的输入。

来自化合物的代谢物，无论是固有的还是药物的，都是作为降解和消除化合物的自然生化过程的一部分形成的。化合物的降解速率是其作用时间和强度的重要决定因素。分析药物化合物的代谢物，即药物代谢，是药物发现的重要组成部分，有助于了解任何不良副作用。